продажа 2.13 версии уже прекращена ? если нет, дайте ссылку где можно скачать\купить
ибо, 3 версия еще сырая. 
Почему вы думаете что она сырая?
если просто мутация, так она примитивна в сравнении с 2.13 версией, слабенькая обфускация.
виртуализация - добавляет на 30-40% больше в весе.
нет режима эксперта с чекбоксами, как это было в 2.13
выставляю "Удалять настраиваемые элементы (только для ЕХЕ) " в НЕТ . но секция релоков все равно обрезается
(приложение скомпилировано под Delphi6)
какая-то проблема с маркерами , в 2.13 такое не наблюдалось
В версии 3.0 представлена новая ВМ, которая имеет больший размер чем в 2.13
О каких чекбоксах идет речь?
Присылайте пример (оригинальный EXE+MAP+VMP файлы), на котором это воспроизводится.